インボイス制度開始後の税務調査｜登録番号の確認漏れや消費税の否認リスク

2023年10月から始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）により、消費税の仕入税額控除のルールが大きく変わりました。

これに伴い、税務調査でもインボイスの保存状況や登録番号の確認が重要なチェックポイントになっています。

特に注意が必要なのは、以下のようなケースです。

これらのミスがあると、税務調査で消費税の仕入税額控除が否認され、追加納税になる可能性があります。

この記事では、以下を解説します。

インボイス制度に対応している事業者の方は、ぜひ参考にしてください。

インボイス制度とは？税務調査で重要視される理由

インボイス制度とは、消費税の仕入税額控除を受けるために適格請求書（インボイス）の保存を義務付ける制度です。

制度開始前は、請求書や領収書があれば仕入税額控除が認められるケースが多くありました。

しかし現在は、原則として次の要件を満たした適格請求書が必要になります。

インボイスの記載事項

必須項目	内容
適格請求書発行事業者の登録番号	Tから始まる13桁番号
取引年月日	取引が行われた日
取引内容	商品やサービス内容
税率ごとの消費税額	10％・8％の区分
取引金額	税込または税抜金額
発行事業者の氏名・名称	会社名や屋号

この登録番号（インボイス番号）が確認できない場合、原則として仕入税額控除が認められません。

そのため、税務調査でもインボイスの保存状況が重点的に確認されるようになっています。

登録番号がない請求書では、消費税の控除ができません。

これが、インボイス制度の核心です。

税務調査でチェックされるインボイス制度のポイント

インボイス制度開始後の税務調査では、消費税の処理が従来よりも厳しく確認される傾向があります。

主に次のポイントがチェックされます。

① インボイスの保存

税務調査では、仕入税額控除を計上している取引について以下を確認されます。

特に、次のような資料がチェック対象になります。

インボイスが保存されていない場合、仕入税額控除が否認される可能性があります。

請求書を捨ててしまった。

これだけで、消費税の控除が受けられなくなります。

② 登録番号の確認

取引先が適格請求書発行事業者かどうかも重要な確認ポイントです。

税務調査では、以下を確認します。

登録番号は、国税庁の公表サイトで確認できます。

もし登録番号が存在しない場合、その請求書はインボイスとして認められない可能性があります。

適当な番号を書いていた。

これ、バレます。

国税庁のサイトで照合されます。

③ 免税事業者との取引

インボイス制度では、免税事業者はインボイスを発行できません。

そのため、免税事業者からの仕入については、原則として仕入税額控除ができません。

ただし制度開始直後は、次のような経過措置があります。

期間	控除割合
2023〜2026年	80％控除
2026〜2029年	50％控除
2029年以降	控除不可

この経過措置の計算ミスも税務調査で指摘されるポイントです。

免税事業者からの仕入、いつまで何％控除できるか。

これ、ちゃんと計算してますか？

登録番号の確認漏れで起こる消費税否認の例

インボイス制度では、登録番号の確認漏れによって消費税が否認されるケースがあります。

① 取引先が未登録だったケース

例えば、以下のような場合です。

などで、相手が免税事業者だった場合です。

この場合、請求書に登録番号がないため仕入税額控除が認められない可能性があります。

フリーランスに外注費100万円。

相手が免税事業者なら、消費税10万円の控除が受けられません。

② 登録番号の記載ミス

請求書に登録番号があっても、以下の場合はインボイスとして認められないことがあります。

登録番号を間違えて記載。

これだけで、インボイスとして認められません。

③ インボイスの保存漏れ

電子請求書やPDF請求書を保存していない場合も注意が必要です。

特に次のようなケースがあります。

このような場合、税務調査で証拠書類がない取引として扱われる可能性があります。

PDFの請求書をダウンロードし忘れた。

後で取得できなくなった。

これ、アウトです。

インボイス制度違反で追加課税になる可能性

インボイス制度のミスにより、税務調査で追加納税になるケースがあります。

主な税金は次の通りです。

税金	内容
本税	本来納めるべき消費税
過少申告加算税	申告不足へのペナルティ
無申告加算税	申告していない場合
延滞税	納付遅れ

特に、仕入税額控除の否認が多いと追加納税額が大きくなる可能性があります。

仕入税額控除100万円が否認されたら、本税100万円＋加算税10〜15万円。

合計110〜115万円の追加納税です。

税務調査で指摘されないためのインボイス対策

インボイス制度に関する税務リスクを防ぐためには、日常の管理が重要です。

① 登録番号を確認する

取引開始時に、取引先の登録番号を確認することが重要です。

確認方法は次の通りです。

これにより、未登録事業者との取引を把握できます。

新しい取引先と契約する前に、必ず登録番号を確認してください。

② インボイスを必ず保存する

請求書や領収書は必ず保存しましょう。

特に電子取引の場合は以下が必要です。

電子データは、消さずに残してください。

③ 消費税処理を定期的にチェックする

インボイス制度では、以下の処理ミスが起きやすくなっています。

そのため、定期的に帳簿や消費税処理を確認することが重要です。

月次でチェックしておけば、税務調査が来ても慌てません。

インボイス制度開始後は税務調査のチェックが厳しくなる

インボイス制度の導入により、消費税の管理は以前より厳格になりました。

特に税務調査では、以下が重点的に確認されます。

インボイス制度への対応が不十分な場合、仕入税額控除の否認や追加納税につながる可能性があります。

税務調査に備えるためにも、日頃からインボイス管理や帳簿管理を整備しておくことが重要です。

もし消費税の処理やインボイス制度に不安がある場合は、税務調査対応に強い税理士へ相談することをおすすめします。

よくある質問（FAQ）

Q. インボイスがないと仕入税額控除はできませんか？

原則として適格請求書（インボイス）の保存が必要です。

ただし制度開始後しばらくは免税事業者との取引について経過措置があります。

Q. 登録番号はどこで確認できますか？

国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認できます。

事業者名や登録番号で検索できます。

Q. 税務調査でインボイスは全部チェックされますか？

すべての取引を確認するわけではありませんが、高額取引や外注費などは重点的に確認されることがあります。

まとめ｜インボイス制度は消費税の新ルール

インボイス制度、始まってから時間が経ちましたが、まだ対応できていない事業者も多いです。

登録番号がない請求書では、消費税の控除ができない。

これが基本ルールです。

取引先の登録番号、確認してますか？
請求書、ちゃんと保存してますか？
免税事業者との取引、経過措置の計算は合ってますか？
これらができていないと、税務調査で消費税が否認されます。

100万円の仕入税額控除が否認されたら、100万円の追加納税。

さらに加算税が10〜15万円。

合計110〜115万円の追加負担です。

インボイス制度、もう逃げられません。

ちゃんと対応してください。

不安があるなら、税理士に相談してください。

それが、あなたの会社を守る方法です。